Para la Orden de San Juan de Dios, es importante el “estilo” con el que se lleva a cabo la acción. De éste depende que se favorezca el respeto y autonomía de las personas, evitando al máximo posible dependencias y paternalismos. Así, la Orden está abierta a nuevos criterios profesionales y sociales, a nuevas acciones y a las culturas y peculiaridades de cada realidad. Los valores que guían y motivan el desarrollo de la Orden de San Juan de Dios son:

• Permanencia histórica basada en la respuesta a las necesidades de la persona bajo el concepto de hospitalidad y humanización de la asistencia.
• Filosofía institucional abierta al diálogo. Institución con identidad cristiana que promueve y practica el respeto y diálogo con otras posturas y creencias, a partir de su propia identidad. Apuesta por la convivencia multicultural e interreligiosa, poniendo especial cuidado en la acogida del fenómeno migratorio.
• Acogida y centralidad, desde una visión antropológica que valora y defiende la dignidad de toda persona, sus derechos y deberes y favorece todas sus potencialidades.
• Universalidad traducida en la acción prioritaria a los grupos y países más desfavorecidos, evitando cualquier sesgo de tipo ideológico, religioso o cultural.
• Vivencia de la Orden no como mera suma de personas, sino como patrón cultural que enriquecemos y nos transmitimos a lo largo de la historia desde sensibilidades, experiencias y reflexiones compartidas. El sentido de pertenencia y la implicación aportan valor añadido al trabajo individual.
• La eficiencia asistencial requiere un trabajo constante para ofrecer una estructura laboral y de responsabilidades transparente, honrada y seria.
• Todos los medios, humanos y materiales, están destinados a la misión de servicio y por tanto a la atención de quienes lo precisan.
• Fidelidad a los fines originarios desde la modernización y actualización constante desde la formación, la investigación y la adaptación de estructuras.
•  Voluntad de ofrecer un proyecto creativo que integra y aúna personas y sensibilidades desde una visión global, amplia y abierta.